Congé maladie dans la fonction publique : durées, rémunération et ce qui reste à votre charge
CMO, CLM, CLD, congé de grave maladie : quatre régimes, quatre durées, quatre façons de calculer ce que vous percevez. Voici les règles à jour, versant par versant — y compris les deux changements de 2024 et 2025 que beaucoup de pages n’ont pas intégrés.
Deux règles ont changé récemment. Depuis le 1er mars 2025, le congé de maladie ordinaire est rémunéré à 90 % du traitement les trois premiers mois, et non plus 100 %. Et depuis le 1er septembre 2024, la rémunération du congé de longue maladie a été revue. Les pages qui indiquent encore « plein traitement pendant trois mois » sont périmées.
Le jour de carence : un jour, et seulement en maladie ordinaire
Le premier jour de tout congé de maladie ordinaire n’est pas rémunéré. La retenue porte sur un trentième de votre rémunération, proratisée si vous êtes à temps partiel, et concerne aussi bien le traitement que les primes de cette journée. La règle s’applique aux trois versants et aux agents contractuels de droit public dès lors qu’ils ont droit à un congé de maladie.
Ce jour ne s’applique pas aux congés de longue maladie et de longue durée, aux arrêts imputables au service, aux congés de maternité, de paternité et d’adoption, ni à un arrêt lié à la grossesse déclaré entre la déclaration de grossesse et le début du congé de maternité.
Une exception mal connue : une rechute survenant moins de 48 heures après une reprise est assimilée à une prolongation de l’arrêt précédent, et ne déclenche donc pas un nouveau jour de carence.
Au 30 août 2026, la règle reste fixée à un jour. Les projets de passage à trois jours évoqués lors des discussions budgétaires de 2025 et 2026 n’ont pas été adoptés.
Le congé de maladie ordinaire (CMO)
C’est le régime de droit commun : jusqu’à douze mois sur une période de référence de douze mois consécutifs. Sa rémunération a été modifiée par l’article 189 de la loi de finances pour 2025, qui a réécrit l’article L. 822-3 du code général de la fonction publique.
| Période | Traitement indiciaire | Régime indemnitaire |
|---|---|---|
| Jour 1 | Non rémunéré (jour de carence) | Non versé |
| Mois 1 à 3 (90 jours) | 90 % depuis le 1er mars 2025 — auparavant 100 % | Selon les règles propres à votre employeur |
| Mois 4 à 12 | 50 % — le demi-traitement | Réduit ou suspendu selon votre employeur |
Le supplément familial de traitement et l’indemnité de résidence suivent des règles distinctes de celles du traitement : vérifiez leur sort auprès de votre service de paie.
Cette réforme a été contestée : le Conseil d’État a rejeté les recours syndicaux formés contre elle. Elle est donc bien la règle applicable aujourd’hui.
Le congé de longue maladie (CLM)
Il est accordé, sur avis médical, pour des affections figurant sur une liste réglementaire ou présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée — cancers, affections psychiatriques graves, pathologies neurologiques, entre autres. Sa durée maximale est de trois ans, accordés par périodes, et il n’est pas soumis au jour de carence.
| Période | Traitement indiciaire | Régime indemnitaire |
|---|---|---|
| 1re année | 100 % | 33 % |
| 2e et 3e années | 60 % | 60 % |
Ce barème résulte de la revalorisation entrée en vigueur le 1er septembre 2024, issue de la transposition de l’accord interministériel de prévoyance du 20 octobre 2023. Il remplace l’ancien régime « plein traitement un an, puis demi-traitement deux ans », que de nombreuses pages citent encore. Les modalités d’application peuvent varier selon votre employeur : la communication de votre administration fait foi.
Le congé de longue maladie est renouvelable après une reprise de fonctions d’au moins un an. La demande de reconduction doit être formée avant l’expiration de la période en cours.
Le congé de longue durée (CLD)
Il est réservé à cinq pathologies limitativement énumérées : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite et déficit immunitaire grave et acquis. Il est attribué à l’issue de la première année de congé de longue maladie rémunérée à plein traitement, par périodes de trois à six mois, dans la limite de cinq ans.
La rémunération classique est de trois ans à plein traitement, puis deux ans à demi-traitement. Lorsque la maladie a été contractée dans l’exercice des fonctions, la durée est portée à cinq ans à plein traitement puis trois ans à demi-traitement. Comme le CLM, le CLD échappe au jour de carence.
Le passage du CLM au CLD n’est pas neutre : les durées, la rémunération et les règles de reprise diffèrent, et le choix entre les deux n’appartient pas à l’agent seul. Faites-vous accompagner par votre service RH ou vos représentants du personnel.
Contractuels : un régime différent
Les agents contractuels ne peuvent prétendre ni au congé de longue maladie ni au congé de longue durée. Ils disposent en revanche du congé de grave maladie, d’une durée maximale de trois ans, sous condition de quatre mois d’ancienneté de services.
Leur indemnisation relève par ailleurs du régime général : ils perçoivent des indemnités journalières de la sécurité sociale, plafonnées, en complément ou en remplacement du maintien de rémunération par l’employeur selon leur ancienneté. Un délai de carence de trois jours de la sécurité sociale peut s’appliquer lorsque l’ancienneté est inférieure à quatre mois de services.
| Fonctionnaire titulaire | Agent contractuel | |
|---|---|---|
| Maladie ordinaire | Jusqu’à 12 mois : 90 % puis 50 % | Maintien de rémunération selon l’ancienneté, puis indemnités journalières plafonnées |
| Maladie grave ou longue | CLM 3 ans, CLD 5 ans | Congé de grave maladie, 3 ans maximum, dès 4 mois de services |
| Régime de retraite | SRE ou CNRACL | Régime général et IRCANTEC |
| Jour de carence | Oui, en maladie ordinaire | Oui, dès lors qu’il a droit au congé |
L’écart de couverture se creuse donc plus vite pour un contractuel, surtout en début de carrière. Voir la page contractuels →
Le sort des primes : le paramètre le plus variable
C’est la question qui revient le plus souvent, et celle qui n’a pas de réponse unique. En congé de maladie ordinaire, le maintien, la réduction ou la suspension du régime indemnitaire dépend des règles propres à votre employeur : une délibération dans la territoriale, les textes applicables à votre ministère ou à votre établissement ailleurs.
Deux agents de même grade et de même rémunération, dans deux collectivités voisines, peuvent donc perdre des montants très différents pour le même arrêt. C’est précisément l’incertitude qu’un contrat de prévoyance couvrant le régime indemnitaire vient neutraliser — et la raison pour laquelle l’assiette du contrat est le premier critère à vérifier. Comprendre l’assiette, le taux et la franchise →
Ce qui n’est pas un congé maladie
Trois situations souvent confondues, avec des règles bien plus favorables.
Accident de service, maladie professionnelle
Le congé pour invalidité temporaire imputable au service maintient le plein traitement et prend en charge les frais médicaux liés. Ni jour de carence, ni demi-traitement.
Temps partiel thérapeutique
Ce n’est pas un congé : vous travaillez à temps réduit tout en percevant votre traitement à taux plein, et vous cotisez intégralement. L’abattement de 10 % ne s’y applique pas.
Maternité, paternité, adoption
Régimes propres, sans jour de carence. Un arrêt lié à la grossesse survenant après la déclaration et avant le congé de maternité échappe également à la carence.
Ce qu’un arrêt change — et ce qu’il ne change pas
Sur votre retraite, l’effet est limité. Les périodes de congé de maladie ordinaire comptent comme des services effectifs pour la durée d’assurance : vous ne perdez pas de trimestres. Et la pension se calcule sur le traitement indiciaire des six derniers mois, pas sur ce que vous avez perçu pendant l’arrêt — sauf, précisément, si l’arrêt tombe dans ces six derniers mois. En revanche, l’assiette de cotisation au régime additionnel suit l’abattement appliqué à votre rémunération, ce qui réduit légèrement les points acquis sur la période.
Sur votre mutuelle, rien ne change : vos garanties santé restent acquises, et la cotisation continue d’être prélevée. En revanche, si votre cotisation dépend de votre rémunération — c’est le cas de la part solidaire dans les contrats collectifs de l’État —, elle suit mécaniquement la baisse de votre traitement.
Au bout des droits, si la reprise n’est pas possible, plusieurs voies s’ouvrent : la disponibilité d’office pour raison de santé, le reclassement, ou la retraite pour invalidité. Pendant l’instruction de ces procédures, une indemnité correspondant à la rémunération perçue à la fin du congé peut être versée. Voir la page invalidité →
Questions fréquentes
Combien de temps puis-je rester en congé de maladie ordinaire ?
Douze mois au maximum sur une période de référence de douze mois consécutifs. Au-delà, il faut basculer vers un congé de longue maladie ou de longue durée si la pathologie le permet, ou entrer dans une procédure de disponibilité d’office, de reclassement ou de retraite pour invalidité.
Le jour de carence s’applique-t-il à chaque arrêt ?
À chaque nouveau congé de maladie ordinaire, oui. Mais une rechute survenant moins de 48 heures après une reprise est traitée comme une prolongation et n’en déclenche pas un nouveau. Les congés de longue maladie et de longue durée y échappent totalement.
Vais-je perdre mes primes ?
Cela dépend entièrement de votre employeur : la règle est fixée par délibération dans la territoriale et par les textes applicables ailleurs. Demandez-la à votre service de paie — c’est l’information qui manque le plus souvent au moment de choisir un contrat de prévoyance.
Un arrêt maladie réduit-il ma pension ?
Pas dans la plupart des cas : les périodes de congé de maladie ordinaire comptent comme services effectifs et la pension se calcule sur le traitement des six derniers mois. L’effet devient réel si l’arrêt survient dans ces six derniers mois, ou sur les points du régime additionnel acquis pendant la période.
Un contractuel a-t-il droit au congé de longue maladie ?
Non. Il relève du congé de grave maladie, d’une durée maximale de trois ans, sous condition de quatre mois d’ancienneté de services, et perçoit des indemnités journalières de la sécurité sociale plafonnées.
Puis-je être licencié ou radié pour raison de santé ?
Un fonctionnaire ne peut pas être licencié pour maladie : à l’épuisement de ses droits, il relève de la disponibilité d’office, du reclassement ou de la retraite pour invalidité. La situation d’un contractuel obéit à des règles distinctes, liées à son contrat.
Sources
- Code général de la fonction publique, articles L. 822-1 à L. 825-1 (congés pour raison de santé) et L. 822-3 (rémunération du congé de maladie ordinaire).
- Loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025, article 189 : rémunération du congé de maladie ordinaire ramenée à 90 % du traitement les trois premiers mois à compter du 1er mars 2025.
- Loi du 30 décembre 2017 de finances pour 2018, article 115 (jour de carence) ; loi de finances pour 2024 (rechute dans les 48 heures assimilée à une prolongation).
- Accord interministériel de prévoyance du 20 octobre 2023 et décret n° 2024-678 du 4 juillet 2024 : revalorisation de la rémunération du congé de longue maladie à compter du 1er septembre 2024.
- Notes d’analyse des centres de gestion (CDG 16) et documentation syndicale sur les congés pour raison de santé.
Dernière mise à jour : 30 août 2026. Les règles de maintien des primes et les modalités d’application varient selon l’employeur : la communication de votre administration fait foi. Une inexactitude ? Signalez-la.