Maintien de salaire fonctionnaire : comment éviter le demi-traitement
Au 91e jour d’arrêt, votre traitement est divisé par deux. La garantie maintien de salaire comble cet écart — à condition que trois paramètres soient bien réglés : l’assiette, le taux et la franchise. Ce sont eux, pas le prix affiché, qui décident de ce que vous toucherez.
Attention aux pages non mises à jour. Beaucoup de sites écrivent encore que le congé de maladie ordinaire est rémunéré à 100 % pendant trois mois. Depuis le 1er mars 2025, c’est 90 % du traitement les trois premiers mois, puis 50 % les neuf suivants.
Ce que vous perdez, concrètement
Voici un exemple volontairement fictif et arrondi, pour montrer la mécanique — pas un barème. Prenons un agent dont la rémunération mensuelle nette se compose de 2 000 € de traitement indiciaire et 500 € de régime indemnitaire, soit 2 500 € par mois.
| Période d’arrêt | Traitement versé | Régime indemnitaire | Revenu total (exemple) |
|---|---|---|---|
| Mois 1 à 3 | 90 % → 1 800 € | Selon la règle de votre employeur | Environ 1 800 à 2 300 € |
| Mois 4 à 12 | 50 % → 1 000 € | Réduit ou suspendu selon l’employeur | Environ 1 000 à 1 250 € |
| Au-delà, si l’arrêt se prolonge | Selon le congé accordé (CLM, CLD) ou passage en invalidité | Régime propre | Variable |
La chute n’est pas progressive : elle arrive d’un coup, au 91e jour. Pour un foyer avec un crédit immobilier, c’est le point de rupture — et c’est exactement là que la garantie maintien de salaire est conçue pour intervenir.
Le sort des primes est le paramètre le plus mal connu. Le régime indemnitaire ne suit pas les mêmes règles que le traitement : sa réduction ou sa suspension pendant un arrêt dépend de la délibération de votre collectivité ou des textes propres à votre employeur. Deux agents de versants différents, à rémunération identique, ne perdent pas la même chose.
Les trois variables qui décident de tout
Deux contrats au même prix peuvent verser du simple au double. La différence est ici.
1. L’assiette
Sur quoi la garantie se calcule : traitement indiciaire seul, traitement plus NBI, ou traitement plus régime indemnitaire. Si vos primes pèsent 20 % de votre rémunération, un contrat qui les ignore vous couvre 20 % de moins que vous ne le croyez. C’est la question à poser en premier.
2. Le taux
Le pourcentage garanti, souvent annoncé entre 90 et 95 %. Un taux élevé sur une assiette étroite vaut moins qu’un taux plus modeste sur une assiette complète. Vérifiez toujours les deux ensemble, et si le pourcentage porte sur du net ou du brut.
3. La franchise
Le délai avant que la garantie ne verse. C’est ce qui fait le prix du contrat, et ce qui décide si vous êtes couvert au bon moment. Trois formes existent, détaillées ci-dessous.
Comprendre la franchise
Trois mécanismes coexistent sur le marché, et ils ne se comparent pas directement :
- La franchise fixe — souvent 90 jours. La garantie démarre au 91e jour, c’est-à-dire au moment précis où le demi-traitement commence. C’est la formule la plus courante et la plus logique pour un fonctionnaire.
- La franchise-relais — la garantie prend le relais à la fin du maintien de rémunération par l’employeur, quel que soit le nombre de jours. Elle s’ajuste automatiquement aux congés de longue maladie et de longue durée, dont les durées diffèrent.
- La franchise en jours d’arrêt cumulés — elle se déclenche après un certain nombre de jours d’arrêt, continus ou non, sur une période donnée. Utile pour des arrêts répétés, moins pour un arrêt long unique.
Le piège à éviter : une franchise plus courte fait monter la cotisation, et couvre une période où vous percevez encore 90 % de votre traitement. Sauf situation particulière, l’enjeu financier se situe après le 91e jour, pas avant.
Ce que les textes imposent au minimum
Dans la fonction publique territoriale, les contrats ouvrant droit à la participation de l’employeur doivent respecter des garanties minimales fixées par le décret du 20 avril 2022. Pour la rente d’invalidité, ce plancher est de 90 % du traitement indiciaire et de la NBI nets, plus 40 % du régime indemnitaire net.
Retenez la logique : le législateur a lui-même admis que les primes devaient être couvertes, mais partiellement. Un contrat qui ne les couvre pas du tout laisse un trou que les textes eux-mêmes reconnaissent.
Ce plancher va monter en 2029. La loi du 22 décembre 2025 prévoit, au plus tard le 1er janvier 2029, des contrats collectifs de prévoyance à adhésion obligatoire dans la territoriale, financés à hauteur d’au moins 50 % de la cotisation correspondant aux garanties minimales — contre 7 € par mois aujourd’hui. Elle interdit aussi à l’organisme de refuser la prise en charge des suites d’un état pathologique antérieur à l’adhésion. Voir le guide territorial →
Contrat de votre employeur ou contrat individuel ?
| Votre situation | Ce qui vous est proposé | Ce qu’il faut vérifier |
|---|---|---|
| Agent de l’État | Un contrat collectif de prévoyance négocié par votre ministère, obligatoire ou facultatif selon les cas ; à l’Éducation nationale, 7 € par mois de participation sur un contrat facultatif | L’assiette retenue et si le contrat couvre le régime indemnitaire |
| Agent territorial | Un contrat labellisé de votre choix ou celui de la convention de votre collectivité, avec au moins 7 € par mois de participation | L’éligibilité du contrat à la participation, et le niveau de couverture du régime indemnitaire |
| Agent hospitalier | Rien d’obligatoire : un contrat individuel, ou l’offre proposée par votre établissement s’il en a négocié une | Tout — c’est le versant le moins encadré sur ce risque |
| Contractuel | Selon le versant et l’employeur, mêmes dispositifs que les titulaires | Vos garanties statutaires, plus courtes et liées à votre ancienneté : l’écart se creuse plus vite |
Un contrat collectif d’employeur n’est pas toujours le meilleur, mais il part avec deux avantages : la participation financière, et généralement l’absence de sélection médicale. Un contrat individuel se souscrit librement — souvent avec un questionnaire médical.
Quand souscrire, et pourquoi le moment compte
La plupart des contrats individuels de maintien de salaire sont soumis à un questionnaire médical à l’adhésion, et les cotisations augmentent avec l’âge. Un contrat souscrit en bonne santé se conserve ; un contrat cherché après un premier arrêt long peut se voir opposer une exclusion sur la pathologie concernée, une surprime, voire un refus.
C’est la raison pour laquelle cette garantie se réfléchit tôt, et pas au moment où l’on en a besoin. Les moments naturels pour la regarder : une titularisation, un crédit immobilier, une naissance, un changement d’employeur public, ou l’arrivée d’un contrat collectif négocié par votre administration.
Deux points à vérifier avant de signer, souvent absents des plaquettes : les exclusions liées aux affections psychiques et aux affections dorsales, fréquemment encadrées alors qu’elles représentent une part importante des arrêts longs ; et l’âge limite de versement des prestations, qui met fin à la garantie même si l’arrêt continue.
Cinq erreurs fréquentes
Croire que la mutuelle couvre déjà
Santé et prévoyance sont deux garanties distinctes, avec deux cotisations, même chez un organisme qui vend les deux ensemble. Vérifiez sur votre notice si le volet prévoyance a bien été souscrit.
Comparer des taux sans regarder l’assiette
95 % du seul traitement indiciaire peut être inférieur à 90 % du traitement plus les primes. Le pourcentage seul ne veut rien dire.
Payer une franchise courte inutile
Vous percevez 90 % de votre traitement les trois premiers mois. Payer pour être couvert dès le 8e jour a rarement un sens dans la fonction publique.
Ignorer la participation employeur
Dans la territoriale, un contrat non éligible vous prive d’au moins 7 € par mois. Vérifiez la labellisation ou la convention avant de souscrire.
Ne pas déclarer son régime indemnitaire
Si le contrat couvre les primes, il faut encore que le montant déclaré soit à jour. Une prime revalorisée non déclarée est une prime non indemnisée.
Attendre le premier arrêt
Questionnaire médical, exclusions, surprimes : le contrat se souscrit tant que tout va bien, pas quand le besoin apparaît.
Questions fréquentes
À partir de quand le demi-traitement s’applique-t-il ?
Après trois mois de congé de maladie ordinaire, soit à partir du 91e jour, et pour les neuf mois suivants. Les trois premiers mois sont rémunérés à 90 % du traitement depuis le 1er mars 2025. Les congés de longue maladie et de longue durée ont leurs propres durées.
Mes primes sont-elles maintenues pendant un arrêt ?
Cela dépend de votre employeur : le régime indemnitaire suit des règles propres, fixées par délibération dans la territoriale et par les textes applicables ailleurs. C’est précisément l’incertitude qu’un contrat couvrant les primes vient neutraliser.
Quel taux viser ?
La logique est de reconstituer votre revenu net habituel, pas de le dépasser : les contrats plafonnent d’ailleurs l’indemnisation pour éviter que l’arrêt ne rapporte plus que l’activité. Regardez le montant net garanti en euros, pas le pourcentage.
Les indemnités versées sont-elles imposables ?
Le traitement fiscal et social de ces indemnités dépend du contrat et de la part financée par l’employeur. Demandez-le explicitement à l’organisme avant de souscrire : cela change le net réellement perçu.
Un contractuel a-t-il les mêmes besoins ?
Ses garanties statutaires sont liées à son ancienneté et généralement plus courtes, ce qui rend l’écart de revenu plus rapide à atteindre. Vérifiez les durées qui s’appliquent à votre situation avant de choisir une franchise.
Que se passe-t-il si je change d’employeur public ?
Un contrat individuel ou labellisé vous suit, mais son éligibilité à la participation dépend du mécanisme de votre nouvel employeur. Un contrat collectif ministériel s’arrête avec votre affectation : ne résiliez rien avant d’avoir la confirmation de votre nouvelle couverture.
Sources
- Code général de la fonction publique : congés pour raison de santé ; rémunération du congé de maladie ordinaire ramenée à 90 % du traitement les trois premiers mois à compter du 1er mars 2025, puis 50 % pendant neuf mois.
- Décret n° 2022-581 du 20 avril 2022 : garanties minimales de prévoyance dans la fonction publique territoriale, montant de référence de 35 € et participation minimale de 7 € par mois depuis le 1er janvier 2025.
- Loi n° 2025-1251 du 22 décembre 2025 : adhésion obligatoire aux contrats collectifs de prévoyance au plus tard le 1er janvier 2029, participation d’au moins 50 % de la cotisation correspondant aux garanties minimales, prise en charge des suites d’états pathologiques antérieurs, délai de 30 jours après reprise pour les agents en congé pour raison de santé.
- Accord interministériel du 20 octobre 2023 et décret n° 2024-678 du 4 juillet 2024 (prévoyance dans la fonction publique d’État) ; notes d’analyse des centres de gestion (CDG 27) sur les garanties minimales.
Dernière mise à jour : 30 août 2026. L’exemple chiffré de cette page est fictif et arrondi : il illustre un mécanisme et ne constitue ni un barème ni une simulation. Une inexactitude ? Signalez-la.